Der litauische Großfürst Vytautas soll der Stadt Kaunas diese Kirche im Jahre 1400 geschenkt haben. Der geschlagene Fürst, der um ein Haar im Fluss ertrunken wäre, schwor der Heiligen Jungfrau Maria, am Flussufer eine Kirche zu errichten. Der sich zur Spitze verjüngende Turm ist in der Stadt gut sichtbar, das gotische Interieur ist jedoch nicht mehr erhalten. Das Heiligtum wurde über die Jahrhunderte nicht nur von Kriegen, sondern auch vom Hochwasser verwüstet. Heute ist die Vytautas-Magnus-Kirche die älteste Kirche von Kaunas und die einzige gotische Kirche des Landes in Kreuzform.
